A Pécsi Egyházmegye jelenleg összesen húsz köznevelési intézmény fenntartója, tizenkét iskoláé és nyolc óvodáé. Az egyházmegye a közelmúltban sikeresen pályázott, így a pécsi Szent Mór iskolaközpontban és a komlói Kodály Zoltán iskolában EU-s támogatással mehetnek végbe fejlesztések.