Boldog Apor Vilmos püspök 1945. április 2-án, húsvéthétfőn hajnalban halt meg. Testét április 4-én a kármelita templom kriptájában helyezték el. 1948. november 23-án a győri székesegyház Szent László-kápolnájában került volna sor temetésére, amely azonban az Egyházmegyei Hatóság rendelkezése folytán elmaradt. Újratemetését 1986. május 23-án tartották a győri székesegyház Héderváry-kápolnájában.